Cerita ini berawal dari seorang pria muda bernama Toba yang memiliki sifat baik hati, rajin dan ulet. Toba merupakan seorang petani yang hidup sebatang kara di desa Sumatera Utara. Suatu hari, Toba berhasil menangkap seekor ikan emas yang bisa berbicara. Ikan emas itu meminta Toba untuk melepaskannya dengan janji akan memberikan kebahagiaan. Toba menyetujuinya dan berubahlah ikan emas itu menjadi seorang wanita cantik, yang mengungkapkan bahwa dirinya merupakan seorang putri yang dikutuk menjadi ikan emas dan dia bisa terbebas dari kutukan tersebut jika ada makhluk pertama yang menyentuhnya.
Seiring berjalannya waktu,Toba akhirnya menikahi putri ikan emas tersebut dengan syarat Toba tidak mengatakan bahwa putri adalah jelmaan ikan. Setelah menikah, mereka dikaruniai seorang anak bernama samosir yang tumbuh sehat dan kuat. Namun, dia memiliki sifat yang nakal dan pemalas. Hingga suatu hari, Toba akhirnya kehilangan kesabarannya ketika Samosir tidak menjalankan tugasnya dengan baik. Toba tanpa sengaja mengungkap rahasia istrinya.
Samosir berlari sembari menangis ke arah ibunya. Sang ibu yang merasa kecewa menggenggam tangan Samosir dan dalam sekejap keduanya mengilang. Bekas pijakan keduanya mulai menyemburkan air hingga membuat Desa Toba dan sekitarnya terendam. Terbentuklah danau luas yang kini dikenal sebagai Danau Toba. Sementara itu, pulau kecil di tengah danau tersebut dinamakan Pulau Samosir.